中国科学院国家科学图书馆的科学出版工作以服务于国家知识创新工程、服务于全院与全国的学术出版、服务于国家科技自主创新为宗旨，通过科技期刊出版实践和科技期刊发展战略研究，打造一批精品科技期刊，培育一支专业化编辑出版队伍，建设科技期刊发展战略研究基地。

总馆设立编辑出版中心，发挥科学出版业务和科技期刊发展战略研究的整体优势，逐步形成在科技期刊出版领域的核心竞争力。总馆主办《图书情报工作》《现代图书情报技术》《中国文献情报（英文版）》《化学进展》《中国生物工程杂志》《科学观察》《高科技与产业化》《电子政务》《中国数学文摘》等9种期刊。其中，《图书情报工作》是中国图书馆学情报学领域核心期刊，是中国图书馆学情报学领域第一本半月刊；《现代图书情报技术》是中国图书馆学情报学领域唯一一份技术性核心期刊；《化学进展》被美国《科学引文索引》（SCI-E）收录，是全国中文核心期刊；《中国生物工程杂志》是中国生物工程学会会刊，全国生物学核心期刊；2008年创办的《中国文献情报（英文版）》是中国第一份图书馆学情报学领域的英文学术期刊，体现了改革开放以来中国文献情报界的迅速发展，体现了知识创新以来中国科学院文献情报系统引领和推动全国文献情报事业发展的作用，并将进一步推动我国文献情报服务及其创新发展。

兰州分馆成立《地球科学进展》杂志社，由地球科学与资源环境科学类基础和应用性刊物《地球科学进展》《遥感技术与应用》《天然气地球科学》和《黄金科学技术》4个特色学科期刊编辑部组成，这些刊物重点报道本学科前沿领域和相关技术，在国内相关领域已有一定的影响。

成都分馆以情报研究为依托，主办《天然产物研究与开发》和《世界科技研究与发展》2种期刊。

武汉分馆依托以长江流域资源生态环境和工程技术为重点的文献收藏，主办核心期刊《长江流域资源与环境》。

　  全馆科学出版力量积极协作，开展科技期刊发展战略研究。近年承担的国家和部委科技期刊研究项目有：中国科协“《学术期刊出版与管理指南》研究编制”项目（2007－2008）；“中国科学院科技期刊国际合作策略研究”项目（2007－2008）；“《中国科协科技期刊发展报告（2009）》”研究项目（2008－2009）；国家社会科学基金项目“数字时代图书馆危机管理研究”（2008－2010）。主要研究成果有:《国外科技社团期刊运行机制与发展环境》（中国科学技术出版社）和《国外科技期刊发展环境》（社会科学文献出版社）。