中国科学院文献情报中心现主办15种期刊，包括院中心12种期刊：《图书情报工作》《知识管理论坛》《化学进展》《数据分析与知识发现》《中国生物工程杂志》《科学观察》《电子政务》《数据智能（英）》《智库理论与实践》《中国科技期刊研究》《高科技与产业化》和《数据与情报科学学报（英）》；武汉文献情报中心1种期刊：《长江流域资源与环境》；成都文献情报中心2种期刊：《天然产物研究与开发》和《世界科技研究与发展》。 　　

Science Citation Index（SCI）期刊：《化学进展》； 　　

Emerging Sources Citations Index（ESCI）期刊：《数据与情报科学学报（英）》； 　　

《中文核心期刊目录总览》（北大核心）期刊：《图书情报工作》《中国科技期刊研究》《化学进展》《中国生物工程杂志》《天然产物研究与开发》和《长江流域资源与环境》； 　　

《中文社会科学引文索引》（南大核心）期刊：《图书情报工作》《数据分析与知识发现》《中国科技期刊研究》《电子政务》和《长江流域资源与环境》。